"التحليل الجيني والتطور الفيروسي لـ SARS-CoV-2: التأثيرات والانتشار
“دراسة شجرة النشوء التطوري لـ SARS-CoV-2 وتأثيره على الصحة العامة”
“مقدمة”
على مدار العقدين الماضيين، ارتبطت فيروسات كورونا (CoVs) بتفشي أمراض كبيرة في شرق آسيا والشرق الأوسط. بدأت متلازمة التنفس الحادة الشديدة (SARS) ومتلازمة التنفس الحادة في الشرق الأوسط (MERS) في الظهور في عامي 2002 و 2012 على التوالي. مؤخرًا، ظهر فيروس كورونا جديد، وهو فيروس كورونا المتلازمة التنفسية الحادة 2 (SARS-CoV-2)، المسبب لمرض كورونا 2019 (COVID-19)، في أواخر عام 2019، وقد شكل تهديدًا صحيًا عالميًا، مما تسبب في جائحة مستمرة في العديد من البلدان والأقاليم (1).
يعمل العاملون في مجال الصحة في جميع أنحاء العالم حاليًا على بذل الجهود للسيطرة على المزيد من تفشي الأمراض الناجمة عن فيروس كورونا الجديد (الذي سُمّي في البداية 2019-nCoV)، والذي تم التعرف عليه لأول مرة في مدينة ووهان، مقاطعة هوبي، الصين، في 12 ديسمبر 2019. في 11 فبراير 2020، أعلنت منظمة الصحة العالمية (WHO) عن التسمية الرسمية للمرض المرتبط بالفيروس التاجي الحالي ليكون COVID-19، الذي يسببه SARS-CoV-2. تم العثور على أن المجموعة الرئيسية من المرضى كانت مرتبطة بسوق هوانان لبيع المأكولات البحرية في جنوب الصين في ووهان (2). تنتمي فيروسات كورونا إلى عائلة Coronaviridae (تحت العائلة Coronavirinae)، ويصيب أفرادها مجموعة واسعة من المضيفين.
جائحة COVID-19 لا تحتوي على أي عوامل جديدة، باستثناء العوامل الممرضة الجينية الفريدة ووجود مستودع محتمل آخر. السبب والنتيجة المحتملة في المستقبل هما مجرد تكرار لتفاعلاتنا السابقة مع فيروسات كورونا القاتلة. الاختلاف الوحيد هو توقيت حدوثها والتميز الجيني للعامل الممرض المعني. التغيرات في RBD لفيروسات كورونا سهلت قدرتها على إصابة مضيفين جدد، مما أدى إلى توسيع نطاق انتشارها إلى جميع أنحاء العالم (85). هذا يشكل تهديدًا محتملاً لصحة كل من الحيوانات والبشر. أظهرت الدراسات المتقدمة باستخدام إعادة البناء الفيلوجرافي البايزية أن أصل فيروس SARS-CoV-2 الأكثر احتمالًا هو فيروس كورونا شبيه بـ SARS المنتشر في خفافيش فصيلة Rhinolophus (86). أظهرت التحليلات الفيلوجينية لـ 10 تسلسل جيني كامل لـ SARS-CoV-2 أنها مرتبطة بفيروسين من أصل خفافيش، هما bat-SL-CoVZC45 و bat-SL-CoVZXC21، تم الإبلاغ عنهما في عام 2018 في الصين (17). تم تأكيد أن SARS-CoV-2 يستخدم ACE2 كمستقبل للدخول بينما يظهر RBD مشابهًا.
تزايد التقارير حول وجود SARS-CoV-2 في مياه الصرف الصحي والمياه العادمة يستدعي الحاجة إلى مزيد من البحث بسبب إمكانية انتقاله عبر البراز والفم. إن وجود SARS-CoV-2 في المكونات البيئية مثل التربة والمياه سينتهي أخيرًا في مياه الصرف الصحي والطين الناتج من محطات المعالجة (328). لذلك، يجب علينا إعادة تقييم إجراءات معالجة مياه الصرف الصحي والطين العادمة الحالية واتباع تقنيات متقدمة موجهة وفعالة ضد SARS-CoV-2.
نظرًا لأن هناك إفراز نشط لـ SARS-CoV-2 في البراز، يمكن دراسة انتشار العدوى في عدد كبير من السكان باستخدام علم الأوبئة المبني على المياه العادمة. مؤخرًا، تم استخدام RT-qPCR (النسخ العكسي-تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي) لعد نسخ RNA لفيروس SARS-CoV-2 المركزة من المياه العادمة التي تم جمعها من محطة معالجة المياه العادمة (327). تحدد أعداد نسخ RNA الفيروسية عدد الأفراد المصابين.
ال epitopes المناعية الأولية هي تلك التي يتم التعرف عليها بشكل رئيسي بواسطة الأجسام المضادة المعادلة.
يخضع البروتين الشوكي S في شكله الشوكي لعملية إعادة ترتيب هيكلية بحيث يصبح من الأسهل دمج غشاء الفيروس الخارجي مع غشاء الخلية المضيفة. أظهرت الدراسات الحديثة حول SARS-CoV أن الإنزيم ACE (إنزيم المحول للأنجيوتنسين) يعمل كمستقبل لفيروس COVID-19 لدخول الخلية البشرية.
